W 2026 roku kontrole skarbowe w Polsce są coraz bardziej zaawansowane technologicznie i oparte na analizie danych elektronicznych. Krajowa Administracja Skarbowa (KAS) korzysta z takich narzędzi jak Jednolity Plik Kontrolny (JPK), system STIR czy Krajowy System e-Faktur (KSeF), dzięki którym może szybciej wykrywać nieprawidłowości podatkowe oraz typować przedsiębiorców do kontroli.

Według danych Ministerstwa Finansów skuteczność działań kontrolnych systematycznie rośnie, mimo że sama liczba klasycznych kontroli maleje. Fiskus coraz częściej stosuje analizę ryzyka i czynności sprawdzające zamiast długotrwałych kontroli podatkowych. Oznacza to, że nawet niewielkie błędy w dokumentacji mogą zostać szybko wykryte przez systemy informatyczne administracji skarbowej.

Rozliczenia VAT – najczęstszy przedmiot kontroli

Najważniejszym obszarem kontroli pozostaje podatek VAT. Urzędy skarbowe analizują przede wszystkim prawidłowość odliczeń podatku naliczonego, zasadność zwrotów VAT oraz zgodność danych przesyłanych w plikach JPK_VAT.

KAS szczególnie często kontroluje:

• fikcyjne faktury,
• zawyżanie kosztów,
• nieprawidłowe odliczenia VAT,
• częste korekty deklaracji,
• wysokie zwroty podatku,
• transakcje między powiązanymi podmiotami,
• rozliczenia wewnątrzwspólnotowe.

Duże znaczenie ma również obowiązkowy Krajowy System e-Faktur (KSeF), który umożliwia administracji skarbowej niemal natychmiastowy dostęp do wystawianych faktur elektronicznych. Dzięki temu urząd może szybko porównywać dane pomiędzy kontrahentami i wykrywać rozbieżności.

W praktyce wiele kontroli rozpoczyna się po złożeniu wniosku o zwrot VAT. Fiskus może wtedy zażądać przedstawienia dokumentów potwierdzających rzeczywiste wykonanie usługi lub dostawy towarów.

Jak kontrolowane są koszty firmowe i wydatki prywatne

W 2026 roku urzędy skarbowe bardzo dokładnie kontrolują koszty uzyskania przychodu. Szczególną uwagę zwracają na sytuacje, w których przedsiębiorca wykazuje wysokie koszty przy stosunkowo niskich dochodach.

Najczęściej sprawdzane są:

• wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą,
• koszty reprezentacyjne,
• zakupy luksusowych towarów,
• prywatne wydatki ujmowane jako koszty firmowe,
• usługi niematerialne,
• wydatki bez odpowiedniej dokumentacji.

Fiskus często kwestionuje wydatki dotyczące sprzętu elektronicznego, wyposażenia domu, wakacji, gastronomii czy odzieży, jeśli przedsiębiorca nie potrafi wykazać ich związku z prowadzoną działalnością.

Kontrolerzy sprawdzają również, czy dokumenty księgowe są rzetelne i kompletne. Zgodnie z ustawą o rachunkowości, księgi rachunkowe muszą być prowadzone „rzetelnie, bezbłędnie, sprawdzalnie i bieżąco”.

W przypadku wykrycia nieprawidłowości urząd może nie tylko zakwestionować koszty podatkowe, ale także naliczyć zaległy podatek wraz z odsetkami.

Samochody firmowe pod szczególnym nadzorem

Jednym z najczęściej kontrolowanych obszarów są obecnie samochody firmowe. Dotyczy to zarówno jednoosobowych działalności gospodarczych, jak i spółek korzystających z leasingu operacyjnego.

Urzędy skarbowe sprawdzają przede wszystkim:

• odliczenia VAT od paliwa,
• leasing samochodów,
• koszty eksploatacyjne,
• amortyzację pojazdów,
• używanie auta do celów prywatnych,
• ewidencję przebiegu pojazdu.

Szczególną uwagę fiskus zwraca na przypadki, w których przedsiębiorca odlicza 100% VAT od samochodu. Aby było to możliwe, pojazd musi być wykorzystywany wyłącznie do działalności gospodarczej, a podatnik ma obowiązek prowadzenia szczegółowej ewidencji przebiegu pojazdu zgodnie z ustawą o VAT.

Kontrolowane są także luksusowe samochody ujmowane jako koszt działalności. Jeżeli profil firmy nie uzasadnia ponoszenia takich wydatków, urząd może zakwestionować część kosztów lub uznać, że pojazd służy również celom prywatnym.

W praktyce przedsiębiorcy często popełniają błędy związane z mieszanym użytkowaniem pojazdu – zarówno służbowym, jak i prywatnym. To jeden z obszarów najczęściej wskazywanych podczas czynności sprawdzających.

Transakcje zagraniczne i handel międzynarodowy

W 2026 roku coraz większą uwagę fiskus poświęca transakcjom zagranicznym. Dotyczy to zwłaszcza firm prowadzących sprzedaż internetową, importujących towary lub świadczących usługi dla kontrahentów z innych państw Unii Europejskiej.

Najczęściej kontrolowane są:

• wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów (WDT),
• wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów (WNT),
• import usług,
• sprzedaż internetowa za granicę,
• rozliczenia VAT OSS,
• ceny transferowe,
• transakcje z podmiotami z rajów podatkowych.

Urząd skarbowy sprawdza przede wszystkim, czy przedsiębiorca prawidłowo dokumentuje transakcje zagraniczne oraz czy posiada dokumenty potwierdzające wywóz towarów poza granice kraju.

W przypadku dużych firm szczególne znaczenie mają ceny transferowe, czyli rozliczenia pomiędzy podmiotami powiązanymi. Fiskus analizuje, czy ceny stosowane pomiędzy spółkami odpowiadają warunkom rynkowym i czy nie dochodzi do sztucznego przenoszenia dochodów.

Administracja skarbowa coraz częściej korzysta również z międzynarodowej wymiany informacji podatkowych, co znacząco utrudnia ukrywanie dochodów za granicą.

Kontrola ksiąg rachunkowych i dokumentacji

Bardzo istotnym elementem kontroli pozostaje prawidłowość prowadzenia ksiąg rachunkowych. Organy podatkowe analizują zarówno dokumentację elektroniczną, jak i tradycyjne dokumenty księgowe.

Najczęściej sprawdzane są:

• kompletność dokumentacji,
• zgodność zapisów księgowych z fakturami,
• poprawność ewidencji środków trwałych,
• terminowość księgowań,
• sposób archiwizacji dokumentów,
• zgodność danych finansowych z deklaracjami podatkowymi.

Podstawowym aktem prawnym regulującym te kwestie pozostaje ustawa o rachunkowości z 29 września 1994 r.

W 2025 i 2026 roku wdrażano również zmiany dostosowujące polskie przepisy rachunkowe do regulacji unijnych oraz nowych standardów raportowania.

Nieprawidłowości w księgach rachunkowych mogą skutkować oszacowaniem dochodu przez urząd skarbowy, co często oznacza konieczność zapłaty wyższego podatku.

Kontrola rachunków bankowych i przepływów finansowych

Dzięki systemowi STIR oraz analizie danych bankowych Krajowa Administracja Skarbowa (KAS) ma obecnie znacznie większe możliwości monitorowania przepływów finansowych przedsiębiorców.

Fiskus zwraca uwagę przede wszystkim na:

• nietypowe przelewy,
• wysokie transakcje gotówkowe,
• przelewy zagraniczne,
• rozbieżności pomiędzy deklarowanymi dochodami a wpływami na konto,
• transakcje z podmiotami wysokiego ryzyka.

Jeżeli urząd uzna, że istnieje podejrzenie wyłudzeń podatkowych lub prania pieniędzy, może nawet czasowo zablokować rachunek bankowy przedsiębiorcy.

Branże szczególnie narażone na kontrole

KAS stosuje analizę ryzyka i częściej kontroluje branże uznawane za najbardziej podatne na nieprawidłowości podatkowe.

Do sektorów szczególnie narażonych na kontrole należą:

• handel elektroniką,
• branża budowlana,
• gastronomia,
• paliwa i wyroby akcyzowe,
• transport międzynarodowy,
• e-commerce,
• handel importowanymi towarami.

Przykładem intensywnych działań kontrolnych były akcje prowadzone przez KAS w centrach handlowych zajmujących się importem towarów z Azji, gdzie wykrywano liczne nieprawidłowości podatkowe i celne.

Czynności sprawdzające zamiast tradycyjnej kontroli

W ostatnich latach administracja skarbowa coraz częściej korzysta z czynności sprawdzających zamiast formalnych kontroli podatkowych. Są one mniej sformalizowane i zwykle polegają na wezwaniu podatnika do przedstawienia dokumentów lub wyjaśnień.

Czynności sprawdzające mogą dotyczyć:

• błędów w deklaracjach,
• rozbieżności w JPK,
• potwierdzenia transakcji,
• wyjaśnienia kosztów,
• korekty danych księgowych.

Dopiero gdy podatnik nie usunie nieprawidłowości lub nie przedstawi odpowiednich wyjaśnień, urząd może wszcząć pełną kontrolę podatkową albo kontrolę celno-skarbową.

Jak ograniczyć ryzyko podatkowe w praktyce

Kontrole skarbowe w 2026 roku są znacznie bardziej skuteczne niż jeszcze kilka lat temu. Fiskus korzysta z zaawansowanych systemów informatycznych, elektronicznych baz danych i automatycznej analizy ryzyka. Najczęściej kontrolowane są rozliczenia VAT, koszty firmowe, samochody służbowe, transakcje zagraniczne oraz prawidłowość prowadzenia ksiąg rachunkowych.

Dla przedsiębiorców oznacza to konieczność szczególnej dbałości o dokumentację, terminowość rozliczeń i zgodność danych przesyłanych do urzędów. W praktyce ryzyko kontroli pomaga ograniczyć rzetelne prowadzenie księgowości, bieżące monitorowanie zmian w przepisach podatkowych oraz wsparcie firmy outsourcingowej. Profesjonalne usługi księgowe realizowane przez firmę outsourcingową mogą odciążyć przedsiębiorcę w codziennych obowiązkach, uporządkować procesy rozliczeniowe i zwiększyć bezpieczeństwo podatkowe firmy.

Autorką artykułu jest Justyna Surowy, Partner Biznesowy ds. księgowości, Impel Business Solutions sp. z o.o.